貳、實體方面：
一、宇通公司所受為「損失預期利益」，非屬行政訴訟法第116條所定義的損害；且依促參法第45條第2項規定，最優申請人如因故未能簽約，主辦機關得決定由合格之次優申請人遞補，並非當然遞補。
本件決定之執行，對聲請人尚難謂符合將發生難以回復之損害，且有急迫情事之要件：
(一)按行政訴訟繫屬中，行政法院認為原處分或決定之執行，將發生難以回復之損害，且有急迫情事時，行政法院得因當事人之聲請，而裁定停止原處分或決定之執行，行政訴訟法第116條第2項定有明文。惟上開條文所稱「難於回復之損害」應以消極所受損害為限，至積極所失之預期利益，應係國家賠償之範圍，並非上開所謂損害。
(二)聲請人主張：因相對人執意繼續違法，才有後續關係之發展，則基於相對人明顯違法之甄審公告所進展之建置營運契約關係當然侵害聲請人次優申請人之權利與法律上地位，茲相對人要以試營或營運測試，造成由遠東聯盟辦理高速公路通行費收取之既成事實，依此結果，聲請人縱日後獲得撤銷遠東聯盟最優申請人資格之勝訴判決，仍不能以次優申請人之資格遞補云云，認將發生難以回復之損害，且有急迫情事。
(三)惟查聲請人參與高速公路電子收費系統之建置及營運甄審為次優申請人，其所主張：縱日後獲得撤銷遠東聯盟最優申請人資格之勝訴判決，仍不能以次優申請人之資格遞補云云，係屬將來預期所失利益，並非停止執行所謂之損害，已有未合。況聲請人為本件甄審公告認定為次優申請人，依促參法第45條第2項規定：「經評定為最優申請案件申請人，如未於前項規定時間籌辦，並與主辦機關完成投資契約簽約手續者，主辦機關得訂定期限，通知補正之。該申請人如於期限內無法補正者，主辦機關得決定由合格之次優申請案件申請人遞補簽約或重新依第四十二條規定公告接受申請。」可知，甄審決定選出最優申請人之後，倘無法完成議約或被撤銷最優先申請人資格，並非當然由次優申請人遞補，縱使停止甄審決定之「最優申請人資格」之效力，聲請人亦尚非馬上即得開始系爭高速公路電子收費系統之建置及營運，應無聲請所謂無從建置營運之損害，更無難以回復之損害可言，聲請人停止執行聲請為無理由，應予駁回。
二、行政訴訟之聲請停止執行，其考量重點在於保護私益。換句話說，先考量是否屬私益，再考量是否發生難以回復之損害，最後才判斷私益會不會重大影響公益。此外，建議主辦機關依行政程序法第146或147條調整契約內容。
公共利益並非聲請停止執行積極要件之所謂損害，惟相對人機關得基於公益考量，作必要之措施：
(一)按停止執行規範之目的，在於保護聲請人私益，若涉及公益之事項，並非停止執行積極要件之發生難以回復之損害範圍，而係屬衡量行政訴訟法第116條第2及第3項但書消極要件所應考量之事項，亦即公益之考量係評斷合於「難以回復之損害，且有急迫情事」後，依同條第2及第3項但書應再加以比較之階段。公共利益不列入聲請停止執行積極要件之所謂損害，係基於權力分立，行政法院著重在保障人民權益（主觀公權利）及國家行政權是否曾合法行使之個案審理功能，與行政權之施政重在未來、全面性之公益政策考量，二種憲政機關權力性質不同使然。
(二)聲請人主張：本件高速公路電子收費系統之建置及營運攸關20年期間之建設、高速公路之管理與交通政策及全國用路人權益，影響層面廣泛而重大。在本件甄審公告合法性之行政爭訟程序確定前，如不停止甄審公告之執行，國家、社會大眾及聲請人均將遭受難以回復且無以彌補之重大損失云云。惟聲請人已不合於停止執行發生難以回復之損害要件，自不必再衡量公益情事，聲請人就公益之主張，本院自無庸審酌。
(三)惟查，本件甄審公告既經本院以94年度752號實體判決撤銷遠通電收股份有限公司最優申請人資格，依促參法第45條第1項規定，即無與主辦機關簽約及興建、營運之資格，遠通公司與相對人所簽之營運契約，於本件實體判決確定發生原甄審公告為違法既判力，即應為無效，自屬當然。但因行政訴訟並無假執行制度，則在本件判決後迄判決確定之期間，因原營運契約均未慮及資格不符情事，並未約定如何處理，此一情事，顯係情事重大變更，基於民間參與公共建設工程之特異性，相對人非不得斟酌聲請人所提公益事項，本件審標之結論係有違平等原則及公共利益，及考量將來繼續興建營運之風險，為防止或除去重大危害亦即減輕或避免一再遭申訴審議機關及行政法院認定違法遭致國家賠償損害之情事，依行政程序法第146或147條調整契約內容（本件情形似尚與促參法第52、53條規定不符），基於公益之考量，採取必要之方法，如延緩建置時程，迄本案判決確定等等，附此敘明。
（這則裁定的兩造是宇通公司v.s.高公局，遠通公司只能算是利害關係人，但法院在這則裁定最後卻對契約應如何處理下了指導棋，顯然影響到遠通公司權益。這樣的論述是否妥當，個人認為不無疑慮）
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